お釈迦さまの入滅後、そのご遺骨は分骨され、それぞれに仏舎利塔を建立し納めたことが納骨堂の始まりとされております。
我が国では仏教の伝来以後、偉人の霊を崇めるため『廟』に当るものが建てられました、法隆寺の夢殿・興福寺の北円堂などが有名です。
近世（江戸時代）に至るまで「墳墓」と「廟」とは区別されており「墓所」と「廟」とは別の場所にありました、しかし徳川家や各地の大名は墳墓の上に覆屋を造り、墓所の上に直接廟を建立して祖先の霊を弔うと共に子孫の繁栄を祈りました。これらの廟は『神廟』『霊屋』『霊殿』『霊廟』などと呼ばれ、庶民には無縁のものでした。

従って当時の状況から現在に至るまで一般の人々は「墓」と「仏壇」（廟に当るもの）を造って祖先を弔ってきました。
そしてこれらの歴史的背景から近年、墓地の護持管理等の諸事情により「墓所」（納骨所）を篤く祀るという霊廟形式（納骨堂）が起こりました。
『納骨堂』は、現代に生みだされた祖先を祀る最も鄭重なお墓のかたちということができるでしょう。